법인에 세무조사가 나오면 과세관청은 어떤 부분을 주로 확인할까요? 특별한 경우를 제외하면 특수관계인 인건비, 법인카드 사용, 매출 누락, 상품권 매입, 세액감면·공제 적용의 적정성을 반드시 살펴봅니다. 이 글은 로뎀세무법인이 직접 세무조사를 받아 보고 많은 업체의 조사를 대행하며 쌓은 경험을 바탕으로 항목별 실제 사례와 관리 방법을 정리했습니다.
세무조사는 정기조사와 비정기조사로 크게 나뉩니다. 특정 조세탈루 혐의로 진행되는 비정기조사는 이 글의 내용과 맞지 않을 수 있으니 유의하세요.
세무조사를 미리 알아야 하는 이유
과세관청은 수많은 세무조사를 진행하면서 신고 오류나 탈루가 자주 발생하는 부분에 대한 경험과 자료를 축적하고 있습니다. 그래서 특별한 경우를 제외하면 세무조사에서 반드시 확인하는 몇 가지 항목이 있습니다. 평소 이런 부분을 알고 관리하면 모르고 하는 실수를 줄일 수 있습니다. 불필요한 세무상 오해를 받을 일도 줄어듭니다.
특수관계인에게 지급한 급여 등 인건비의 적정성
법인이 대표이사, 이사 등 임원의 특수관계인(배우자·가족이나 대주주처럼 법인 또는 임원과 밀접한 관계에 있는 사람)에게 급여, 프리랜서 용역비, 이자비용 등을 지급한 경우 그 지출이 적정한지 확인합니다.
실제 예시 ①
대표이사의 배우자가 실제 업무를 하지 않았지만 업무용 승용차 이용 등을 위해 급여를 신고했습니다. 그러나 배우자가 업무를 수행한 자료가 없었습니다. 급여도 배우자 계좌가 아닌 대표이사 계좌로 지급되어 배우자 급여 전액이 대표이사에게 귀속된 것으로 보았습니다.
- 결과: 손금불산입(비용처리 부인) 후 대표이사 상여처분
실제 예시 ②
법인의 대주주인 창업주가 사업장과 멀리 떨어진 지역에 거주하며 실제 사업 운영에 참여하지 않았습니다. 그럼에도 매월 고액의 급여를 받아 급여액이 부인되고 배당으로 귀속되었습니다.
- 결과: 손금불산입(비용처리 부인) 후 대주주에게 배당처리
법인카드 사용의 적정성
법인카드는 사업장 지출의 핵심 수단이므로 세무조사에서 사적 지출이 있는지 반드시 확인하는 항목입니다. 따라서 아래 표의 '비용처리 부인 가능 항목'에 해당하는 지출은 사업에 사용했다는 증빙(카드영수증, 지출내역 정리)이 필요합니다.
다음 표는 비용처리가 부인될 수 있는 법인카드 사용 유형과 예외적으로 인정될 수 있는 경우입니다.
| 비용처리 부인 가능 항목 | 예외 내용 |
|---|---|
| 근무일이 아닌 공휴일 또는 주말에 사용 | 공휴일 또는 주말에 근무가 있는 경우 사용할 수 있습니다. |
| 사업장 주소와 멀리 떨어진 곳에서 사용 | 출장, 외근이 있는 경우 사용할 수 있습니다. |
| 업무 외 시간인 심야, 새벽 시간에 사용 | 야근, 3교대 작업 등 특수한 근무의 경우 사용할 수 있습니다. |
| 고가의 물품 구입(운동용품, 가방, 시계 등) | 거래처 접대비 차원에서 사용할 수 있습니다. 다만 금액이 과도하면 뇌물이 될 수 있습니다. |
| 업무와 관련성이 떨어지는 지출(미용실, 병원비, 학원비, 사우나) | 연예인, 운동선수, 인플루언서 등 업종에 따라 미용·의료비가 사업과 밀접한 관련이 있다면 사용할 수 있습니다. |
| 골프연습장, 테니스연습장 운동비용 | 거래처 접대비 차원에서 사용할 수 있습니다. |
과세관청은 시스템을 이용해 법인카드가 사용된 시간, 장소, 업종 등을 파악할 수 있습니다. 또한 '비용처리 부인 가능 항목'에 해당하는 10만원 이상의 지출에 대해 모두 소명하라고 요구할 가능성이 있습니다. 따라서 이런 지출은 법인카드로 하지 않거나, 사업과 관련된 지출이라면 관련 내역을 평소에 잘 정리해 두어야 합니다. 법인카드 관리 요령은 법인카드 잘 사용하는 방법에서 더 확인할 수 있습니다.
매출 누락
법인이 물건을 판매하거나 용역을 제공하고도 매출을 신고하지 않은 경우입니다. 이런 사실은 세무조사에서 높은 확률로 발견됩니다. 매입 비율이 과다하거나 법인에 가수금(대표 등이 법인에 넣은 돈으로 출처가 정리되지 않은 금액)이 과도하게 쌓이면 과세관청이 매출 누락을 의심할 수 있습니다.
실제 예시 ①
법인 매출을 사업주 또는 특수관계인 계좌로 입금받고 법인 매출에서 누락했습니다. 과세관청은 법인계좌뿐 아니라 대표이사와 특수관계인의 계좌도 확인해 누락액을 파악했습니다.
- 결과: 부가가치세와 법인세 추징 및 대표이사 상여처분으로 고액의 세금 발생
현금영수증 의무발행 업종이라면 현금영수증 미발급에 따른 20%의 과태료가 추가로 발생해 세부담이 크게 늘어납니다. 매출 누락이 불러오는 문제는 사업장 매출누락의 위험성에서도 다루고 있습니다.
상품권 매입의 적정성
법인계좌나 법인카드로 상품권을 매입한 뒤 사적으로 사용하거나 관련 증빙이 미비하면, 세무조사 단계에서 상품권 매입에 대한 비용처리가 부인될 수 있습니다. 상품권을 고액으로 매입하면 국세청 조기경보 시스템의 점검 대상이 될 수 있습니다. 평소 상품권 사용 내역을 기록하는 상품권 관리대장 작성을 권장합니다.
실제 예시 ①
업체가 법인카드로 상품권을 연 8천만원어치 구입해 거래처 접대비로 처리했습니다. 그러나 실제로 지급한 사실이 불분명해 비용처리가 부인되었습니다.
- 결과: 손금불산입(비용처리 부인) 후 대표이사 상여처분
세액감면·세액공제 적용의 적정성
법인세 신고 때 적용한 창업중소기업 세액감면, 통합고용세액공제, 연구개발비 세액공제, 통합투자세액공제 등 여러 감면·공제는 세법에서 정한 요건과 기한을 반드시 지켜야 합니다.
실제 예시 ①
연구개발시설을 신설한 뒤 관련 경비로 세액공제를 반영했으나, 연구개발시설이 미흡해 세액공제가 전액 부인되었습니다.
실제 예시 ②
창업에 따른 창업중소기업 세액감면을 반영했으나, 과거 사업 이력이 발견되어 세액감면이 전액 부인되었습니다.
실제 예시 ③
직원 채용에 따른 통합고용세액공제를 반영했으나, 법인 임원의 특수관계인이 포함되어 있어 해당 부분이 부인되었습니다.
세액감면과 세액공제는 법인세 절세 효과가 큰 항목이어서 세무조사에서 면밀하게 살펴봅니다. 따라서 전문가를 통해 요건을 정확히 검토해야 합니다. 무리한 절세를 위해 감면·공제를 반영하면 나중에 더 큰 세금으로 돌아올 수 있습니다.
정기·비정기 조사의 차이와 준비 방법은 사업장 세무조사 대비 방법 총정리에서 자세히 확인하세요.
법인 세무조사 대비나 인건비·법인카드·감면 적용 검토에 대해 궁금한 점은 로뎀세무법인 상담 신청에서 문의하실 수 있습니다.
