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사업장

사업장 세무조사 대비 방법 총정리 (정기·비정기 조사 핵심)

By 2026-04-07No Comments

안녕하세요. 로뎀세무법인입니다.

사업을 하다보면 성실납세 여부를 확인하기 위해 국세청(세무서)에서 세무조사를 실시합니다. 소위.. 털어서 먼지 안 나는 사람(사업장)은 없기에 세무조사가 실시되면 심적으로 육체적으로 많은 피로감을 느끼게 됩니다. 하지만 미리 알고 대비하면 많은 도움이 되기에 세무조사를 대비하는 방법을 안내드립니다. 많은 도움되시기 바랍니다.

세무조사의 종류

① 정기 세무조사

정기조사는 업종,규모,경제력 등을 고려해 4년 이상 세무조사를 받지 않은 납세자가 선정되거나 무작위추출 방식으로 대상이 선정됩니다. 단, 연 매출 3억 이하의 법인사업장과 다음의 매출 이하 개인사업장은 정기 세무조사 대상를 하지 않습니다. (탈루 혐의가 있는 경우는 제외)

도소매업 등3억원
제조업, 음식점, 등1.5억원
서비스업 등7.5천만원

② 비정기 세무조사

​국세청은 세금 탈루 혐의 등이 발견되면 자금출처조사, 자료상 조사, 기획조사, 추적조사 등등 여러가지 이유로 비정기 세무조사를 할 수 있습니다. 특히, 다음이 대표적인 비정기세무조사입니다.

고액 부동산 및 자동차를 취득하거나 고액의 부채를 상환한 경우 실시되는 ‘자금출처조사’

가짜 (세금)계산서 등을 수취하는 경우 실시되는 ‘자료상 조사’

특정 소득,계층,업종,지역 등에서 구조적 문제점이 발생하면 실시되는 ‘기획조사’

세무조사 나오면 확인하는 대표적 항목

항목주요내용대비방법
사적경비 확인사업용 지출이 아닌 개인 가사경비 등 사적으로 사용된 경비에 대한 부인​
> 개인사업자 – 경비처리 부인으로 인한 소득세, 부가세 발생
> 법인사업자 – 경비처리 부인으로 인한 법인세, 부가세 발생
(대표자 관련인 경우 상여처분 후 소득세 발생)
.평일 저녁 및 공휴일 지출내역 구체적으로 내역 정리 (식비, 접대 등)
.온라인플랫폼 구입내역 중 고가물품(30만원이상) 구체적으로 내역 정리
.타지역 지출내역 구체적으로 내역정리 (출장비용, 타지역 식사 등)
매출누락 확인사업용 매출액을 누락한 경우 해당 금액에 대한 세금 부과​
> 개인사업자 – 소득세, 부가세 발생
> 법인사업자 – 법인세, 부가세 발생
(대표자가 가져간 경우 상여처분 후 소득세 발생)
현금영수증 의무발행 사업장은 미발행과태료(20%)가 발생하므로 더욱 주의​
※ 매출누락 파악 시 대표자 및 특수관계인의 계좌까지 파악하는 경우가 많습니다. 또한 소비자 대상의 경우 POS 자료와 비교해 매출누락을 파악하기도 합니다.
상품권 사용내역사업용 카드 등으로 구매한 상품권을 사업에 사용하지 않은 경우 부인​
> 개인사업자 – 경비처리 부인으로 인한 소득세, 부가세 발생
> 법인사업자 – 경비처리 부인으로 인한 법인세, 부가세 발생
(대표자가 가져간 경우 상여처분 후 소득세 발생)
.’상품권관리대장’에 기록해 관리
.거래처 접대인 경우 누구에게 지급했는지 확인 후 기록
.직원 등에게 지급한 경우 원천소득세 신고 후 기록
업무용 승용차 사용내역사업용으로 등록한 승용차의 업무무관 지출에 대한 부인​
> 개인사업자 – 경비처리 부인으로 인한 소득세
> 법인사업자 – 경비처리 부인으로 인한 법인세 (대표자 상여)
.고가의 승용차는 ‘운행기록부’작성 필수
.임직원수 대비 너무 많은 승용차는 운행기록부와 관계 없이 부인될 수 있음
특수관계인 거래내역배우자, 친인척, 특수관계법인 등과의 거래내역을 확인해 시가(시세)보다 높거나 낮은 금액으로 재화 또는 용역을 제공받았거나 사업과 무관하게 대금이 지급된 경우​
해당 경비가 부인되거나 사업연관상 없이 고액이 지급된 경우 증여세가 부과될 수 있음
.재화가 공급된 경우 시세에 맞게 공급
.인건비가 지급된 경우 원천세를 신고하고 대금을 그에 맞게 지급
.용역을 공급한 경우 현장 사진 등으로 추가 증빙을 준비
그 외 고액지출에 대한 확인기계장치, 인테리어, 비품구입 등 1회성 고액지출과 계속 반복적으로 지출되는 항목.계약서 및 견적서와 자금이체내역 등 관련내역을 정리

※ 세무조사가 시작된 경우 다음의 내용을 꼭! 기억해 주시기 바랍니다.

1. 즉흥적인 답변은 피합니다. 사실과 다른 진술은 불리하게 작용될 수 있습니다.

2. 불필요한 자료 제출은 오히려 리스크입니다.

3. 감정적으로 대응하지 않습니다.

4. 중요한 내용은 담당 세무사와 상의 후 답변합니다.